Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI

Dây thường xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) là cây thuốc từ lâu đã được sử dụng trong

y học cổ truyền nhưng thông tin về hệ gen của chúng còn rất hạn chế. Ở thực vật, lựa chọn được

phương pháp tách chiết DNA hiệu quả là bước rất quan trọng, có ảnh hưởng lớn đến các phân tích

di truyền tiếp theo. Trong nghiên cứu này, bốn phương pháp tách chiết DNA khác nhau từ mẫu lá

khô Dây thường xuân đã được sử dụng để tìm ra phương pháp hiệu quả nhất. Các phương pháp tách

chiết khác nhau cho DNA tổng số có nồng độ dao động từ 10,5 đến 437,4 ng/μl; độ tinh sạch đánh

giá thông qua chỉ số hấp thụ quang đo ở bước sóng 260 và 280 nm dao động từ 1,8 đến 2,2. Dựa

trên kết quả khuếch đại gen mã hóa enzym tạo liên kết hạt GBSSI bằng kỹ thuật PCR, GeneJET

Plant Genomic DNA Purification Mini Kit được đánh giá có hiệu quả thu hồi DNA tổng số có chất

lượng tốt nhất với mẫu lá khô Dây thường xuân. Bước đầu phân tích trên chỉ thị GBSSI, cây phát

sinh chủng loại xây dựng từ các mẫu Dây thường xuân cho thấy các mẫu này thuộc loài H. nepalensis

K. Koch. Nghiên cứu này cho thấy nguồn DNA tổng số chất lượng cao sẽ cho phép nhân dòng được

các chỉ thị DNA khác với hiệu quả cao, qua đó cung cấp thông tin di truyền có giá trị cho phân loại,

bảo tồn và phát triển nguồn dược liệu ở Việt Nam.

pdf 8 trang kimcuc 2800
Bạn đang xem tài liệu "Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên

Tóm tắt nội dung tài liệu: Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI

Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI
VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
88 
Original Article 
Comparative Analysis of Different DNA Extraction Methods 
and Preliminary Analysis of Genetic Diversity of Hedera 
nepalensis K. Koch. in Vietnam Based on GBSSI Marker 
Dinh Doan Long1,*, Nguyen Xuan Bach1, Nguyen Thi Thu Thao1, 
Pham Thi Hong Nhung1, Do Thi Le Hang1, Vu Thi Thom1, Pham Thanh Huyen2 
1VNU School of Medicine and Pharmacy, 144 Xuan Thuy, Cau Giay, Hanoi, Vietnam 
2National Institute of Medicinal Materials, 3B Quang Trung, Hoan Kiem, Hanoi, Vietnam 
Received 03 May 2019 
Revised 09 May 2019; Accepted 21 June 2019 
Abstract: Though the ivy (Hedera nepalensis K. Koch.) has long been utilized in traditional 
medicine, its genome information is very limited. For plants, an effective method of DNA extraction 
is a very important step which greatly affects subsequent genetic analyses. In this study, four 
different methods of DNA extraction from dry leaves were used. A comparison of different protocols 
resulted in the yield of extracted DNA that ranged from 10.5 to 437.4 ng/μl and with a purity ranged 
from 1.8 to 2.2. Based on the PCR results of GBSSI gene, Gene JET Plant Genomic DNA 
Purification Mini Kit is the most optimal extraction method for Vietnam ivy’s dry leaves. A 
preliminary analysis of the phylogenetic tree based on the GBSSI marker showed that ivy growing 
in a number of northern mountainous provinces of Vietnam belonged to the H. nepalensis K. Koch 
species. The high - quality total DNA will allow us to amplify different DNA markers, providing 
valuable genetic information to preserve and develop medicinal resources in Vietnam. 
Keywords: GBSSI, Hedera nepalensis K. Koch, DNA extraction. 
_______ 
 Corresponding author. 
 Email address: longdd.ksh@gmail.com 
 https://doi.org/10.25073/2588-1132/vnumps.4165 
VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
89 
Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình 
phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền 
nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) 
dựa vào chỉ thị GBSSI 
Đinh Đoàn Long1,*, Nguyễn Xuân Bách1, Nguyễn Thị Thu Thảo1, 
Phạm Thị Hồng Nhung1, Đỗ Thị Lệ Hằng1, Vũ Thị Thơm1, Phạm Thanh Huyền2, 
1Khoa Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, 144 Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội, Việt Nam 
2Viện Dược liệu, 3B Quang Trung, Hoàn Kiếm, Hà Nội, Việt Nam 
Nhận ngày 03 tháng 5 năm 2019 
Chỉnh sửa ngày 09 tháng 5 năm 2019; Chấp nhận đăng ngày 21 tháng 6 năm 2019 
Tóm tắt: Dây thường xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) là cây thuốc từ lâu đã được sử dụng trong 
y học cổ truyền nhưng thông tin về hệ gen của chúng còn rất hạn chế. Ở thực vật, lựa chọn được 
phương pháp tách chiết DNA hiệu quả là bước rất quan trọng, có ảnh hưởng lớn đến các phân tích 
di truyền tiếp theo. Trong nghiên cứu này, bốn phương pháp tách chiết DNA khác nhau từ mẫu lá 
khô Dây thường xuân đã được sử dụng để tìm ra phương pháp hiệu quả nhất. Các phương pháp tách 
chiết khác nhau cho DNA tổng số có nồng độ dao động từ 10,5 đến 437,4 ng/μl; độ tinh sạch đánh 
giá thông qua chỉ số hấp thụ quang đo ở bước sóng 260 và 280 nm dao động từ 1,8 đến 2,2. Dựa 
trên kết quả khuếch đại gen mã hóa enzym tạo liên kết hạt GBSSI bằng kỹ thuật PCR, GeneJET 
Plant Genomic DNA Purification Mini Kit được đánh giá có hiệu quả thu hồi DNA tổng số có chất 
lượng tốt nhất với mẫu lá khô Dây thường xuân. Bước đầu phân tích trên chỉ thị GBSSI, cây phát 
sinh chủng loại xây dựng từ các mẫu Dây thường xuân cho thấy các mẫu này thuộc loài H. nepalensis 
K. Koch. Nghiên cứu này cho thấy nguồn DNA tổng số chất lượng cao sẽ cho phép nhân dòng được 
các chỉ thị DNA khác với hiệu quả cao, qua đó cung cấp thông tin di truyền có giá trị cho phân loại, 
bảo tồn và phát triển nguồn dược liệu ở Việt Nam. 
Từ khóa: GBSSI, Dây thường xuân, Hedera nepalensis, tách chiết DNA tổng số. 
_______ 
 Tác giả liên hệ. 
 Địa chỉ email: longdd.ksh@gmail.com 
 https://doi.org/10.25073/2588-1132/vnumps.4165 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
90 
1. Đặt vấn đề 
Chi Hedera trong hệ thống phân loại thực vật 
thuộc họ Nhân sâm (Araliaceae), được ghi nhận 
tổng cộng có 15 loài với đặc điểm hình thái 
chung dạng dây leo [1]. Trong đó, hai loài được 
nghiên cứu và sử dụng làm thuốc phổ biến hơn 
cả là Thường xuân (Hedera helix L.) và Dây 
thường xuân (Hedera nepalensis K. Koch.). 
Thường xuân không phải cây bản địa ở Việt Nam 
trong khi Dây thường xuân có phân bố tương đối 
hẹp ở Châu Á và được ghi nhận xuất hiện ở một 
số tỉnh vùng núi cao Việt Nam [2]. Trong H. 
nepalensis có chứa các hợp chất n-hexan và ethyl 
acetate được chứng minh có tác dụng chống ung 
thư, ngoài ra còn chứa lupeol, triterpenoid có 
hoạt tính ức chế dipeptidyl peptidase-4 với tiềm 
năng chữa bệnh đái tháo đường [3-5]. Không chỉ 
vậỵ, nhiều nghiên cứu đã chứng minh rằng H. 
nepalensis K. Koch. có tác dụng bảo vệ thần 
kinh, chống viêm, giảm đau, chống đông máu và 
chống trầm cảm [5, 6]. Với tiềm năng như vậy, 
song đến nay trên Thế giới các nghiên cứu về H. 
nepalensis K. Koch. nhìn chung còn tương đối ít. 
Ở Việt Nam chưa có nghiên cứu đánh giá đa 
dạng di truyền nguồn gen Dây thường xuân trong 
khi nhu cầu phát triển thuốc dược liệu đang ngày 
một tăng cao. 
Phân tích đa dạng di truyền và xây dựng tiêu 
chuẩn chất lượng về nguồn gen góp phần giải 
quyết nhu cầu khai thác hiệu quả và quản lý bền 
vững nguồn tài nguyên dược liệu. Với Dây 
thường xuân, phân loại dựa vào đặc điểm hình 
thái có thể nhầm lẫn do mức độ phân hóa lớn của 
lá cây (phần hay được thu hái làm thuốc). Ngày 
nay, ứng dụng sinh học phân tử là phương pháp 
tiếp cận hiệu quả giúp phân loại thực vật dựa trên 
các chỉ thị DNA. Gen GBSSI (Granule-bound 
starch synthase) hay còn gọi là gen waxy là một 
gen nằm trong nhân có số lượng bản sao thấp, 
mã hóa cho enzym tạo liên kết hạt. Đây là chỉ thị 
DNA đã được sử dụng thành công để xây dựng 
cây phát sinh chủng loại của họ Araliaceae ở 
châu Á [7]. Nhưng chỉ thị GBSSI có phải là một 
chỉ thị tốt để đánh giá đa đạng di truyền loài Dây 
thường xuân Việt Nam là một câu hỏi chưa có 
lời giải. Để có thêm thông tin di truyền của Dây 
thường xuân, bước đầu tiên và cũng rất quan 
trọng là tách chiết được DNA tổng số từ tế bào 
thực vật một cách hiệu quả. Có nhiều phương 
pháp tách chiết và kit tách chiết DNA tổng số từ 
mẫu thực vật được lưu hành nhưng chưa có 
nghiên cứu đánh giá được phương pháp nào là 
hiệu quả nhất đối với mẫu lá khô Dây thường 
xuân. Chính vì vậy, chúng tôi thực hiện đề tài 
nghiên cứu này với hai mục tiêu là đánh giá hiệu 
quả tách chiết DNA tổng số sử dụng các quy 
trình khác nhau và bước đầu xây dựng cây phát 
sinh chủng loại Dây thường xuân dựa trên chỉ thị 
GBSSI. 
Bảng 1. Danh sách mẫu thực vật sử dụng trong nghiên cứu 
TT Ký hiệu mẫu Địa điểm lấy mẫu Tọa độ địa lý 
1 H1 Bản Khoang, Sa Pa, Lào Cai 22°22'37.53"N - 103°47'31.76"E 
2 H2 Bản Khoang, Sa Pa, Lào Cai 22°22'37.53"N - 103°47'31.76"E 
3 H3 Trạm cây thuốc Sapa, Lào Cai 22°21'10.29"N - 103°51'36.04"E 
4 H4 Hồ Thầu, Hoàng Su Phì, Hà Giang 22°39'28.47"N - 104°35'57.14"E 
5 H5 Thị trấn Sa Pa, Lào Cai 22°20'17.84"N - 103°49'52.89"E 
6 H6 Thị trấn Sa Pa, Lào Cai 22°20'17.84"N - 103°49'52.89"E 
7 H15 Bản Khoang, Sa Pa, Lào Cai 22°23'0.01"N - 103°47'9.97"E 
8 H16 Phó Bảng, Đồng Văn, Hà Giang 23°14'46.36"N - 105°11'30.49"E 
9 H21 Sủng Là, Đồng Văn, Hà Giang 23°14'39.08"N - 105°12'48.68"E 
10 HH Vườn Thực vật Hoa Nam, Trung Quốc 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 91 
2. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu 
 Vật liệu: Mẫu nghiên cứu được cung cấp 
bởi Khoa Tài nguyên Dược liệu, Viện Dược liệu. 
Trong đó, 09 mẫu lá non đã được phân loại dựa 
vào đặc điểm hình thái thuộc H. nepalensis K. 
Koch. và 01 mẫu thuộc loài H. helix L. (kí hiệu 
HH) có thông tin chi tiết trong Bảng 1. 
 Tách chiết ADN tổng số: DNA được phân 
lập bằng phương pháp Mini-CTAB (Sanghai-
Maroof và cộng sự, 1984) [8], phương pháp 
CTAB cải tiến (Elias và cộng sự, 2004) [9], 
DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Đức) và 
GeneJET Plant Genomic DNA Purification Mini 
Kit (Thermo Scientific, Mỹ). Chất lượng DNA 
tổng số được đánh giá dựa vào nồng độ DNA thu 
được, độ tinh sạch thể hiện qua chỉ số quang phổ 
hấp thụ đo ở bước sóng 260 nm và 280 nm và 
khả năng khuếch đại gen đích thành công thông 
qua PCR. 
Nhân dòng gen đoạn gen GBSSI bằng PCR: 
Cặp mồi GBSSI-10F (5’ CAC AAC TGT 
AAG ATC CTT TCA AA 3’); GBSSI-11R (5’ 
CAT ACG CAT AGC ATG TAA CTG 3’) đặt 
tổng hợp ở công ty PHUSA Biochem (Việt Nam) 
được sử dụng để nhân bản đoạn trình tự gen 
GBSSI [7]. Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR 
như sau: biến tính 98 ˚C trong 30 giây; 35 chu kì 
phản ứng bao gồm 98 ˚C trong 10 giây, 55,1 ˚C 
trong 30 giây, 72 ˚C trong 30 giây; thời gian kéo 
dài cuối cùng 72 ˚C trong 10 phút. Sau đó, sản 
phẩm PCR được kiểm tra bằng điện di trên gel 
agarose 1,5%. Các mẫu PCR nhân bản thành 
công gen GBSSI được tinh sạch và gửi đi giải 
trình tự ở Công ty First base (Malaysia). 
Xử lý và phân tích số liệu: Các trình tự DNA 
được kiểm tra, tinh chỉnh và sắp xếp (alignment) 
bằng phần mềm BioEdit version 7.2.6.1. Các 
trình tự DNA trong nghiên cứu được so sánh 
phân tích với 13 trình tự thuộc chi Hedera đã 
được công bố trên NCBI bao gồm H. algeriensis 
(HQ234505.1), H. caucasigena (HQ234539.1), 
H. azorica (HQ234513.1), H. canariensis 
(HQ234518.1), H. nepalensis (AY204084.1), H. 
colchica (HQ234524.1), H. pastuchovii 
(HQ234576.1), H. rhombea (AY204072.1), H. 
hibernica (HQ234549.1),H. cypria 
(HQ234526.1), H. helix (HQ234541.1), H. 
maroccana (HQ234567.1), H. sinensis 
(HQ234572.1) và 2 loài thuộc chi 
Merrilliopanax là M. chinensis (AY204086.1) 
và M. listeri (AY204085.1). Xây dựng cây phát 
sinh chủng loại phân tích sự đa dạng di truyền 
của nguồn gen bằng phần mềm Mega 7.0 theo 
phương pháp Maximum Likehood. 
Hình 1. Kết quả PCR nhân dòng gen GBSSI trên gel agarose 1,5%. Làn M: O Gene Ruler Ladder DNA 
marker, Làn (-): đối chứng âm, kí hiệu H01-H21và HH là tên mẫu phân tích. 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
92 
3. Kết quả nghiên cứu 
Hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ các 
quy trình khác nhau 
Đánh giá về độ tinh sạch và nồng độ DNA: 
Độ tinh sạch của DNA tổng số đánh giá thông 
qua chỉ số hấp thụ quang OD260/280 dao động từ 
1,8 đến 2,2 (Bảng 2). Kết quả này cho thấy DNA 
thu được ở cả 4 phương pháp tách chiết ít nhiễm 
protein và RNA. Phương pháp Mini-CTAB thu 
hồi được lượng DNA nhiều nhất, trung bình là 
437,4 ng/μL. Nồng độ DNA thu được từ các kit 
thấp hơn so với quy trình Mini-CTAB và CTAB 
cải tiến khoảng 10 lần. 
Bảng 2. So sánh kết quả tách chiết DNA tổng số từ 
các quy trình khác nhau 
Phương pháp OD260/280 Nồng độ DNA 
(ng/μl) 
Mini-CTAB 
(Sanghai-
Maroof và cộng 
sự, 1984) 
1,86 ± 0,24 437,4 ± 165,8 
CTAB cải tiến 
(Elias và cộng 
sự, 2004) 
1,84 ± 0,09 273,6 ± 100,8 
DNeasy Plant 
Mini Kit 
1,97 ± 0,23 10,6 ± 7,1 
GeneJET Plant 
Genomic DNA 
Purification 
Mini Kit 
2,23 ± 0,15 13,7 ± 3,9 
Đánh giá về khả năng nhân dòng gen đích 
bằng PCR: Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn 
gen đích GBSSI với 10 mẫu sử dụng DNA khuôn 
thu được từ 4 phương pháp tách chiết DNA khác 
nhau thể hiện ở Hình 1. Có 9/10 mẫu DNA tách 
từ mỗi bộ kit nhân dòng gen đích thành công, sản 
phẩm nhân dòng khá đồng đều với một băng hiện 
hình sáng rõ có kích thước khoảng 700 bp. Đối 
với phương pháp CTAB cải tiến, có 5/10 mẫu 
nhân dòng thành công và Mini-CTAB là 3/10 
mẫu. Như vậy, hiệu quả nhân dòng gen từ các 
mẫu DNA thu được từ kit cao hơn 2-3 lần so với 
mẫu DNA thu được từ quy trình CTAB cải tiến 
và mini-CTAB. Bên cạnh đó, GeneJET Plant 
Genomic DNA Purification Mini Kit hiện có giá 
thành rẻ hơn DNeasy Plant Mini Kit 3 lần. Chính 
vì vậy, trong nghiên cứu này GeneJET Plant 
Genomic DNA Purification Mini Kit là kit tách 
chiết hiệu quả và kinh tế nhất với mẫu lá khô Dây 
thường xuân. 
Hình 2. Cây phát sinh chủng loại theo phương pháp 
Maximum Likelihood của đoạn gen GBSSI. Đầu các 
nút là chỉ số bootstrap thể hiện độ tin cậy của nhánh. 
Xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa 
trên chỉ thị GBSSI: 09 mẫu bao gồm H1, H2, 
H3, H4, H5, H6, H16, H21, HH được nhân dòng 
và giải trình tự gen GBSSI thành công. Phân tích 
gen cho thấy có 26 nucleotit sai khác giữa các 
mẫu trong đoạn gen dài 618 bp. Cây phát sinh 
chủng loại xây dựng bằng phương pháp 
Maximum Likelihood được thể hiện trong Hình 
2. Phương pháp này sử dụng mô hình 3 tham số 
Tamura (T92) với phân phối Gamma (BIC = 
7042,115; AICc = 6657,293; -lnL = 3277,457; R = 
1,45), phân tích bootstrap với 1000 lần lấy lại mẫu. 
4. Bàn luận 
Không có phương pháp tách chiết nào được 
cho là tối ưu với tất cả các loài thực vật. Các loài 
thực vật khác nhau cho kết quả thu hồi DNA 
khác nhau với cùng một phương pháp tách chiết. 
Tế bào thực vật khó thu hồi DNA hơn so với các 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
93 
tế bào động vật bởi có lớp thành cellulose bao 
quanh. Các polysacharit rất khó để tách khỏi 
DNA trong quá trình tách chiết, gây trở ngại cho 
hoạt động của các polymerase trong quá trình 
PCR tiếp theo [10]. Chính vì vậy, phân lập DNA 
từ các mô thực vật đòi hỏi sự tham gia của các 
carbohydrat và enzym giúp cho sự ly giải thành 
tế bào. Bên cạnh đó, sự hiện diện của các 
polysacharit, polyphenol và khác các hợp chất 
thứ cấp khác nhau trong tế bào đặc biệt là các tế 
bào trưởng thành gây ra trở ngại lớn cho quá 
trình khuếch đại gen bằng PCR [11]. Chính vì 
vậy, mẫu lá non và còn tươi thường được khuyến 
cáo sử dụng để thu hồi DNA từ tế bào [12]. 
Nhiều nghiên cứu chỉ ra thành phần hóa học chủ 
yếu trong lá và thân của H. nepalensis là saponin. 
Trong đó, hai hợp chất chính có tác dụng chống 
ung thư hederagenin 3-O-α-L-
arabinopyranoside và pulsatilla saponin A đã 
được phân lập bằng phương pháp sắc ký hóa học 
và phương pháp quang phổ vào năm 2015 [13]. 
Ngoài ra, các phân tích hóa sinh đã chứng minh 
trong Dây thường xuân còn có chứa các nhóm 
chất khác như: carbohydrat, protein, alkaloid, 
tanin, flavonoid, terpenoid, các hợp chất 
phenolic và phytosterol [14, 15]. Trong đó, nhiều 
hợp chất polysacharit và polyphenol là những 
chất ức chế phản ứng PCR hoặc cắt bẳng enzym 
giới hạn. Do đó, bước đầu tiên trong quy trình 
phân tích di truyền là chọn phương pháp tách 
chiết thích hợp nhất với từng loài nghiên cứu. 
Trong phân tích thực vật, nồng độ DNA cao 
không phải tiêu chí được ưu tiên hàng đầu mà là 
độ tinh sạch của DNA. Trong khi đó, chỉ số 
OD260/280 không phản ánh đầy đủ sự nhiễm các 
hợp chất thứ cấp trong các mẫu DNA thu được. 
Mẫu DNA phục vụ cho phản ứng PCR yêu cầu 
độ tinh sạch cao, ít tạp nhiễm protein, 
polyphenol ... Các kit thương mại có ưu điểm tuy 
nồng độ DNA thu hồi không cao nhưng có khả 
năng loại bỏ hiệu quả các tạp chất như các 
polysacharit, protein. Điều này cũng giải thích 
tại sao hiệu quả nhân dòng gen bằng PCR của 
DNA thu từ kit cao hơn hẳn quy trình Mini-
CTAB và CTAB cải tiến. 
Với cây quan hệ phát sinh theo phương pháp 
Maximum Likelihood, mức độ tin cậy được đánh 
giá theo giá trị bootstrap như sau: mức độ tin cậy 
cao: >85%; mức độ tin cậy trung bình: 65-85%; 
mức độ tin cậy thấp: <65%. Kết quả cho thấy, 
trong 09 mẫu phân tích, chỉ số bootstrap ở các 
nhánh ở cây thu được có mức độ tin cậy cao 
(99%). Ngoài HH, các mẫu còn lại đều cùng tách 
nhánh với mẫu H. nepalensis, phù hợp với phân 
loại bước đầu dựa vào hình thái do nhóm nghiên 
cứu của Viện dược liệu, Bộ Y tế thực hiện. Tuy 
nhiên, việc định danh Dây thường xuân dựa vào 
chỉ thị hình thái còn khá nhiều tranh cãi. Loài 
Dây thường xuân được mô tả và đặt tên theo hệ 
thống phân loại lưỡng phân lần đầu tiên bởi tác 
giả K. Koch với tên khoa học là H. nepalensis K. 
Koch vào năm 1853 [16]. Đến năm 1929, tác giả 
A. Rehder đã mô tả về H. sinensis (hay có tên 
khác là H. chinensis) và cho rằng loài H. 
nepalensis K. Koch là một tên đồng danh của H. 
sinensis [17]. Tuy nhiên, đến năm 2002 hai tác 
giả J. Ackerfrield và J. Wen khi nghiên cứu phân 
loại dựa trên đặc điểm hình thái của chi Hedera 
trên thế giới đã cho rằng loài H. nepalensis có 2 
thứ H. nepalensis var. sinensis và H. nepalensis 
var. Nepalensis [1]. Theo hình thái, H. 
nepalensis var. nepalensis và var. sinensis được 
phân biệt dựa trên hai đặc điểm, số lượng thùy (5 
trong var. nepalensis và 3 trong var. sinensis) và 
số lượng thùy bên (nhiều thùy ở var. nepalensis 
và hầu như không có ở var. sinensis). Tuy nhiên, 
một số mẫu ở nghiên cứu này cho thấy có sự thay 
đổi về số lượng thùy lá trên cùng một cây. Có sự 
nhầm lẫn trong phân loại hai thứ loài H. 
nepalensis var. nepalensis và var. sinensis do 
các đặc điểm hình thái được sử dụng để phân biệt 
giữa chúng không nhất quán. Để giải quyết khó 
khăn trong phân loại hình thái, phân tích dựa trên 
các chỉ thị di truyền là công cụ hữu ích và có độ 
chính xác cao. Dựa vào cây phát sinh chủng loại 
theo chỉ thị GBSSI, H. nepalensis và H. sinensis 
được phân biệt thành 2 nhánh với độ tin cậy cao 
(99%). Qua đó, có thể kết luận sơ bộ rằng chỉ thị 
phân tử GBSSI có khả năng phân biệt 2 loài này 
thay cho chỉ thị hình thái. Tuy nhiên, để cung cấp 
thêm thông tin về đa dạng di truyền nguồn gen 
Dây thường xuân, chúng tôi khuyến cáo sử dụng 
thêm các các chỉ thị phân tử khác ở gen nhân 
hoặc gen lục lạp và mở rộng địa điểm thu mẫu 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
94 
Dây thường xuân tại các vùng địa lý khác nhau 
ở Việt Nam. 
Ngoài ứng dụng trong phân loại sinh học, kết 
hợp phân tích các chỉ thị di truyền với phân tích 
thành phần hóa học giúp chúng ta có thể lựa chọn 
được nguồn gen dược liệu tạo ra hoạt chất theo 
định hướng tác dụng sinh học cao nhất. Những 
nghiên cứu như vậy có giá trị ứng dụng lớn trong 
chọn giống, bảo tồn, phát triển và chuẩn hoá 
nguồn nguyên liệu làm thuốc. Chính vì vậy, 
chúng tôi cũng đề xuất kết hợp phân tích di 
truyền với phân tích thành phần hóa học và hình 
thái học trong các nghiên cứu tiếp theo. 
5. Kết luận 
Với kết quả thu được, chúng tôi khuyến cáo 
sử dụng GeneJET Plant Genomic DNA 
Purification Mini Kit cho tách chiết DNA tổng 
số thu từ lá khô Dây thường xuân. 
Gen GBSSI đã được nhân dòng thành công 
và cây phát sinh chủng loại được xây dựng dựa 
trên chỉ thị này bước đầu cho thấy các mẫu Dây 
tường xuân thu thập tại một số tỉnh miền núi phía 
Bắc Việt Nam thuộc loài Hedera nepalensis K. 
Koch. Mặc dù vậy, phân tích với các chỉ thi phân 
tử khác (gen nhân và gen ty thể) vẫn rất cần thiết 
nhằm cung cấp thêm thông tin về quan hệ di 
truyền và tiến hóa của nguồn gen. 
Lời cảm ơn 
Chúng tôi trân trọng cảm ơn Bộ Khoa học và 
Công nghệ Việt Nam đã tài trợ của nghiên cứu 
này (đề tài KHCN cấp nhà nước mã số NVQG-
2018/02). 
Các tác giả chân thành cảm ơn ThS. Phan 
Văn Trưởng (Khoa Tài nguyên Dược liệu, Viện 
Dược liệu) đã giúp thu thập mẫu phục vụ cho 
nghiên cứu. 
Tài liệu tham khảo 
[1] J. Ackerfield, J. Wen, A morphometric analysis of 
Hedera L. (the ivy genus, Araliaceae) and its 
taxonomic implications, Adansonia Sér. 24 (2002) 
187-212. 
[2] U.S. National Plant Germplasm System, Taxon: 
Hedera nepalensis K. Koch, https://npgsweb.ars -
grin.gov/gringlobal/taxonomydetail.aspx?id= 
18567, 2019 (accessed 21 March 2019). 
[3] L. Jafri, S. Saleem, T.P. Kondrytuk, I.Q. Haq, N. 
Ullah, J.M. Pezzuto, B. Mirza, Hedera nepalensis 
K. Koch: A Novel Source of Natural Cancer 
Chemopreventive and Anticancerous Compounds, 
Phytotherapy Reserch. 30 (2016) 447-453. 
[4] S. Saleem, L. Jafri, I. Haq, L.C. Chang, D. 
Calderwood, B.D. Green, B. Mirza, Plants Fagonia 
cretica L. and Hedera nepalensis K. Koch contain 
natural compounds with potent dipeptidyl 
peptidase-4 (DPP-4) inhibitory activity, Journal of 
Ethnopharmacology. 156 (2014) 26-32. 
[5] W.J. Hashmi, H. Ismail, F. Mehmood, B. Mirza, 
Neuroprotective, antidiabetic and antioxidant 
effect of Hedera nepalensis and lupeol against 
STZ+ AlCl3 induced rats model, DARU: Journal of 
faculty of Pharmacy, Tehran University of Medical 
Sciences. 26 (2018) 179-190. 
[6] H. Ismail, A. Rasheed, I.U. Haq, L. Jafri, N. Ullah, 
E. Dilshad, M. Sajd, B. Mirza, Five indigenous 
plants of Pakistan with Antinociceptive, anti-
inflammatory, antidepressant, and anticoagulant 
properties in Sprague Dawley rats, Evidence-based 
Complementary and alternative medicine 2017 
(2017) 1-10. 
[7] A. Mitchell, J. Wen. Phylogenetic utility and 
evidence for multiple copies of granule-bound 
starch synthase I (GBSSI) in Araliaceae, Taxon 53 
(2004) 29-44. 
[8] M.A. Saghai-Maroof, K.M. Soliman, R.A. 
Jorgensen, R.W.L. Allard, Ribosomal DNA 
spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian 
inheritance, chromosomal location, and population 
dynamics, Proceeding of the National Academy of 
Sciences of the USA. 81 (1984) 8014-8018. 
[9] M. Elias, G.S. Mühlen, D. McKey, A.C. Roa, J. 
Tohme, Genetic diversity of traditional South 
American landraces of cassava (Manihot esculenta 
Crantz): an analysis using microsatellites, 
Economic Botany. 58 (2004) 242-256. 
[10] B.D. Lade, A.S. Patil, H.M. Paikrao, Efficient 
genomic DNA extraction protocol from medicinal 
rich Passiflora foetida containing high level of 
polysaccharide and polyphenol, Springerplus. 3 
(2014) 1-7. 
[11] J.H. Cota-Sánchez, K. Remarchuk, K. Ubayasena, 
Ready-to-use DNA extracted with a CTAB method 
adapted for herbarium specimens and 
D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 
95 
mucilaginous plant tissue, Plant Molecular Biology 
Reporter. 24 (2006) 161. 
[12] J. Zhang, J.M. Stewart, Economical and rapid 
method for extracting cotton genomic DNA, 
Journal of Cotton Science. 4 (2000) 193-201. 
[13] T. Li, H. Pan, Y. Feng, H. Li, Y. Zhao, Bioactivity-
guided isolation of anticancer constituents from 
Hedera nepalensis K. Koch, South African Journal 
of Botany. 100 (2015) 87-93. 
[14] L. Jafri, S. Saleem, N. Ullah, B. Mirza, In vitro 
assessment of antioxidant potential and 
determination of polyphenolic compounds of 
Hedera nepalensis K. Koch, Arabian Journal of 
Chemistry. 10 (2017) S3699-S3706. 
[15] B. Ahmad, N. Munir, S. Bashir, S. Azam, I. Khan, 
M. Ayub, Biological screening of Hedera 
nepalensis, Journal of Medicinal Plants Research. 
6 (2012) 5250-5257. 
[16] K.H.E. Koch, Hortus Dendrologicus, F. Schneider 
& Co., Berlin, 1985, pp 250. 
[17] A. Rehder, New species, varieties and 
combinations from the herbarim and the collections 
of the Arnold arboretum, Journal of the Arnold 
Arboretum. 4 (1923) 250. 

File đính kèm:

  • pdfdanh_gia_hieu_qua_tach_chiet_dna_tong_so_tu_mot_so_quy_trinh.pdf